มาร์กุส เกลาดิอุส มาร์แก็ลลุสปรากฏตัวขึ้นอีกครั้งทั้งในด้านการเมืองและการทหารระหว่างสงครามพิวนิกครั้งที่สอง ซึ่งเขาได้เข้าร่วมรบในยุทธการครั้งสำคัญ ๆ เมื่อ 216 ปีก่อนคริสต์ศักราช ปีที่สามของสงครามพิวนิกครั้งที่สอง มาร์แก็ลลุสได้รับเลือกตั้งเป็นไปรตอร์ (praetor) อันเป็นตำแหน่งซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้พิพากษาที่ได้รับการเลือกตั้งหรือผู้บัญชาการกองทัพ ซึ่งหน้าที่อันหลังนี้เองที่มาร์แก็ลลุสได้รับเลือกให้ทำหน้าที่ในซิซิลี[2] โชคร้ายที่ระหว่างมาร์แก็ลลุสและคนของเขากำลังเตรียมเรือจะเดินทางไปซิซิลี กองทัพของเขาถูกเรียกตัวกลับไปยังโรมหลังจากความพ่ายแพ้ครั้งใหญ่ที่กันไน นับเป็นหนึ่งในหายนะครั้งร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์อันยาวนานของโรม[4] โดยคำสั่งของสภาซีเนต มาร์แก็ลลุสถูกบีบให้แบ่งทหารจำนวน 1,500 นายกลับไปยังโรมเพื่อป้องกันเมืองหลังจากพ่ายแพ้ให้กับแฮนนิบัลแห่งคาร์เธจ กองทัพที่เหลืออยู่ของเขา ตลอดจนทหารเดนตายที่เหลือรอดมาจากคันนาย มาร์แก็ลลุสตั้งค่ายอยู่ใกล้กับซูเอสซูลา เมืองในแคว้นคัมปาเนียทางตอนใต้ของอิตาลี ในขณะเดียวกัน บางส่วนของกองทัพคาร์เทจเริ่มเคลื่อนทัพมาเพื่อที่จะยึดเมืองโนลา มาร์แก็ลลุสสามารถขับไล่การโจมตีกลับไปและสามารถป้องกันเมืองจากเงื้อมมือของแฮนนิบัลได้สำเร็จ ถึงแม้ว่าการรบครั้งนี้จะไม่สำคัญนักเมื่อเทียบกับสงครามพิวนิกครั้งที่สองโดยรวม แต่ชัยชนะนั้น "สำคัญต่อผลกระทบด้านขวัญกำลังใจ เป็นการรุกครั้งแรก แม้จะเล็กน้อยมาก ซึ่งแฮนนิบัลไม่ยอมรับ"[2]

จากนั้น เมื่อ 215 ปีก่อนคริสต์ศักราช มาร์แก็ลลุสถูกเรียกตัวไปยังโรมโดยผู้เผด็จการมาร์กุส ยูนิอุส เปรา ผู้ซึ่งต้องการจะปรึกษากับเขาเกี่ยวกับการจัดการสงครามในอนาคต หลังจากการประชุมครั้งนี้ มาร์แก็ลลุสได้รับตำแหน่งโปรกงสุล (proconsvl)[2] ในปีเดียวกัน เมื่อกงสุลลูกิอุส ป็อสตุมิอุส อัลบีนุส ถูกสังหารในการรบ มาร์แก็ลลุสถูกเลือกอย่างเป็นเอกฉันท์โดยชาวโรมันให้เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งจากเขา อย่างไรก็ตาม เนื่องจากกงสุลอีกคนหนึ่งในเวลานั้นเป็นพลิบีอันเช่นเดียวกัน สภาซีเนตจึงไม่อนุญาตให้มาร์แก็ลลุสดำรงตำแหน่งได้ ด้วยเหตุผลที่สภาซีเนตมองว่าการที่พลิบีอันดำรงตำแหน่งกงสุลทั้งสองคนจะเป็นลางร้าย[2] ดังนั้นมาร์แก็ลลุสจึงกลับไปดำรงตำแหน่งโปรกงสุลตามเดิม ซึ่งในเวลาต่อมาเขาได้ป้องกันเมืองโนลาอีกครั้งหนึ่งจากทัพหลังของกองทัพแฮนนิบัล ในปีต่อมา เมื่อ 214 ปีก่อนคริสต์ศักราช มาร์แก็ลลุสได้รับเลือกให้เป็นกงสุลอีกครั้งหนึ่ง เพื่อนร่วมงานของเขาคือ ฟาบิอุส มักซิมุส มาร์แก็ลลุสสามารถป้องกันโนลาได้เป็นครั้งที่สามจากแฮนนิบัลและสามารถยึดครองเมืองกาซิลีนูง ซึ่งมีขนาดเล็กแต่สำคัญได้

ซิซิลีและซีรากูซา

หลังจากชัยชนะที่กาซิลีนูง มาร์แก็ลลุสถูกส่งไปยังซิซิลี ซึ่งแฮนนิบัลได้จับตามอง เมื่อเดินทางมาถึงซิซิลี มาร์แก็ลลุสพบว่าเกาะอยู่ในสภาพสับสนอลหม่าน เฮียรอนิมัส ผู้ปกครองคนใหม่ของราชอาณาจักรซีรากูซาซึ่งเป็นพันธมิตรของโรม เพิ่งสืบราชบัลลังก์ภายหลังการสวรรคตของพระอัยกา (ปู่) และตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของผู้แทนของคาร์เธจ ฮิปพอคระทีสและเอพิซิดีส พระองค์ทรงประกาศสงครามต่อโรมันหลังจากชัยชนะของคาร์เธจในยุทธการที่กันไน อย่างไรก็ตาม ไม่นานนักเฮียรอนิมัสก็ทรงถูกปลดจากราชบัลลังก์ และผู้นำซีรากูซาคนใหม่ต้องการที่จะปรองดองใหม่กับโรม แต่ไม่สามารถขจัดความน่าสงสัยไปได้ จากนั้นซีรากูซาจึงเข้าฝ่ายคาร์เธจ ในปี 214 ก่อนคริสต์ศักราช ปีเดียวกับที่มาร์แก็ลลุสถูกส่งมายังซิซิลี เขาได้รุกรานเมืองแลออนตีนีซึ่งเป็นที่พำนักของผู้ปกครองซีรากูซาสองคน หลังจากการโจมตีเมืองประสบความสำเร็จ มาร์แก็ลลุสได้สั่งการให้ฆ่าทหารโรมันหนีทัพจำนวน 2,000 คนที่หลบซ่อนอยู่ในเมือง ก่อนจะเคลื่อนทัพไปล้อมเมืองซีรากูซาต่อไป เมื่อถึงจุดนี้ หลายเมืองในจังหวัดซิซิลีประกาศก่อกบฏต่อการปกครองของโรมัน การล้อมครั้งนี้กินเวลานานถึงสองปี บางส่วนเป็นเพราะความพยายามของโรมันถูกขัดขวางจากประดิษฐกรรมทางทหารซึ่งสร้างขึ้นโดยอาร์คิมีดีส นักประดิษฐ์ผู้มีชื่อเสียง ในขณะเดียวกัน หลังจากสั่งการให้กองทหารโรมันขนาดใหญ่ (ภายใต้การบังคับบัญชาของอัปปิอุส เกลาดิอุส ปุลแคร์) ล้อมซีรากูซาไว้ มาร์แก็ลลุสและกองทัพขนาดเล็กก็เคลื่อนไปทั่วซิซิลี ปราบปรามข้าศึกและเมืองที่ก่อกบฏ เช่น แอโลรุส, แมการาฮือไบลอา, แฮร์แบ็สซุส เป็นต้น

หลังจากที่มาร์แก็ลลุสกลับมาบัญชาการและดำเนินการล้อมต่อไป พวกคาร์เธจพยายามที่จะปลดปล่อยเมืองจากผู้รุกราน แต่ถูกตีกลับไป แม้ว่าจะมีการต้านทานอย่างเหนียวแน่นและประดิษฐกรรมอันชาญฉลาดของอาร์คิมีดีส ทหารโรมันสามารถยึดครองเมืองได้ในที่สุด ในช่วงฤดูร้อน 212 ปีก่อนคริสต์ศักราช พลูทาร์กเขียนไว้ว่า ขณะที่มาร์แก็ลลุสเคยเข้าไปในเมืองก่อนหน้านี้เพื่อประชุมการทูตกับชาวเมืองซีรากูซา ก็พบกับจุดอ่อนในป้อมปราการของฝ่ายตั้งรับ มาร์แก็ลลุสเน้นการโจมตีมายังจุดเปราะบางนี้ในเวลากลางคืนโดยกองทหารขนาดเล็กที่ได้รับการเลือกสรร เพื่อโจมตีกำแพงและเปิดประตูเมือง[2] ระหว่างการโจมตี อาร์คิมีดีสถูกสังหารซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่มาร์แก็ลลุสเสียใจ[5] พลูทาร์กเขียนว่า ทหารโรมันอาละวาดไปทั่วทั้งเมือง โดยปล้นสะดมเอาข้าวของและผลงานศิลปะทุกชิ้นที่พบ การกระทำนี้มีความสำคัญเพราะซีรากูซาเคยเป็นเมืองของกรีกที่มีวัฒนธรรม ศิลปะ และสถาปัตยกรรมแบบกรีก เมื่อเมืองถูกปล้น ผลงานศิลปะกรีกจำนวนมากก็ถูกนำไปยังโรม นักวิชาการบางคนกล่าวว่าชัยชนะของมาร์แก็ลลุสมีความสำคัญทางวัฒนธรรมอย่างมากเนื่องจากเป็นการนำวัฒนธรรมกรีกเข้าสู่สังคมโรมัน[4]

หลังจากชัยชนะที่ซีรากูซา มาร์กุส เกลาดิอุส มาร์แก็ลลุสยังคงอยู่ในซิซิลี ที่ซึ่งเขาสามารถเอาชนะข้าศึกคาร์เธจและกบฏได้เพิ่มเติม เมืองอากริแก็นตูงที่มีความสำคัญยังคงอยู่ภายใต้การควบคุมของคาร์เธจแม้ว่าผู้นำคาร์เธจจะไม่สามารถส่งกำลังไปสนับสนุนได้มากนัก เนื่องจากการสงครามกับโรมันในสเปนและอิตาลีมีความสำคัญมากกว่า เมื่อถึงสิ้นปี 211 ปีก่อนคริสต์ศักราช มาร์แก็ลลุสลาออกจากการบังคับบัญชาจังหวัดซิซิลี จากนั้นก็มอบตำแหน่งไปรตอร์ของจังหวัดให้อยู่ภายใต้การรับผิดชอบของมาร์กุส กอร์เนลิอุส เมื่อเขาเดินทางกลับมาถึงโรม มาร์แก็ลลุสไม่ได้รับเกียรติจากชัยชนะที่สมควรแก่ความดีความชอบเท่าใดนัก เนื่องจากศัตรูการเมืองของเขาค้านว่า เขาไม่ได้กำจัดภัยคุกคามในซิซิลีได้อย่างสิ้นเชิง[2]